Ninja Assassin mengikuti Raizo, salah satu pembunuh paling mematikan di dunia. Diambil dari jalanan sebagai seorang anak, ia berubah menjadi pembunuh terlatih oleh Klan Ozunu, sebuah masyarakat rahasia yang keberadaannya dianggap sebagai mitos. Tapi dihantui oleh eksekusi tanpa ampun temannya oleh Klan, Raizo membebaskan diri dari mereka dan menghilang. Sekarang dia menunggu, bersiap untuk membalas dendam.
